Кафка наверное кусками пишет в лог на hdd, и наверное по записи помечает сообщения как acknowledged/видимые для других консьюмеров. То есть даже если линукс машина упадет, клиент точно знает что все ack сообщения сохранились и будут видны пользователям в какой-то момент.
Учитывая, что диск сейчас очень часто SSD, то есть никаких приколюх с прокручиванием диска нет, то думаю не обязательно все тонкости знать. Если никсовая утилита говорит, что файл записан, значит так оно и есть.
Кстати, если бы я хотел прям совсем угореть по скорости, то можно попробовать использовать новые нетворк карты которые поддерживают direct memory access