Мой вариант ответа:
1) не паниковать, так как система работает. Запланировать коррекционное действие, т.е. обновить схему до правильной при следующем релизе
2) проанализировать, есть ли человеческий фактор в сложившейся проблема. И можно ли его нивелировать в рамках бюджета. Как выше уже предложили, внедрить автоматизацию в управление схемой базы данных или хотя бы какую-нибудь версионность. Или совсем просто - написать инструмент, который сверяет схему на соответствие ожиданиям.
3) изучить сторонний опыт и best practices, интегрировать в программу по улучшению процессов
4) обновить технический долг, если решено бороться с проблемой техническими методами