На вашей 2560 должен быть либо бутлоадер, либо часть программы, которая умеет ловить прошивку с одного из интерфейсов. В случае ардуино это uart бутлоадер
где он у тебя работает я так и не понял. у тебя ардуино есть? весь код скомпилируй покажи. если он у тебя работает... на словах у меня тут реактор на еспехе работает уже третий год без перезагрузки