А хотя бы гипотетически, что это могло бы быть? Как может поток выйти и не упасть?
По хендлу должна быть возможность посмотреть в каком состоянии находится трэд. То что дебаггер не показывает его в окне еще не говорит о том, что его нет.
На счет того что могло вызвать такое у меня нет особых идей. Раскапывание хендла может дать дополнительную информацию.