Вы выставляете границы в прошивке! Так? В рамках этих границ все будет учтено! А вот когда в GCODE снижается скорость экструзии и при этом насильно, нарушая установленные значения, снижаются скорости осей, то это откровенный бред
А что он должен сделать? Смотри, есть длинный участок нормальной экструзии, потом 0.02 мм практически отсутствующей экструзии, потом снова норма