В законе очень странно об этом написано, особенно, если читать его последовательно, в первой статье сфера закона ограничивается критической информационной инфраструктурой (после этого те, у кого нет КИИ, могли бы и должны были отложить закон в сторону), а в статье про ГосСОПКА сфера действия закона как бы расширяется до всех ИС, находящихся на территории РФ.
В любом случае, со стороны ФСБ ещё не последовало документов, изданных в исполнение 187-ФЗ. Можно ожидать, что Методичка 2016 года приобретёт изменения. Особенно на той волне, что может возникнуть путаница между понятиями Главный центр ГосСОПКА и НКЦКИ.