да, и про сбор требований - такие проблемы не только в медсистемах, но и вообще есть. но это не значит, что программисты должны бегать по этажам и узнавать что надо. должен быть процесс сбора и обработки требований аналитиком (итеративный, как и разработка), тестирование.
а в саму систему можно заложить гибкости по настройке под конкретные нужды, чтоб не писать под каждую больницу/город/область