смысл перезагрузки в том, чтобы сделать апдейт матрицы. Старые программы могут удаляться за ненадобностью, но большинство программ, необходимы матрице, поэтому они остаются.
Апдейт матрицы необходим всегда, когда Нео приходит к архитектору. Раз приходит, значит в матрице что-то не так и ему захотелось выйти из неё. Поэтому в 3й части в конце Нео внёс новый код в машину. Т.е. нет прошлых Нео, он один, просто постоянно видит в матрице баги и пытается избавиться от самой матрицы (может Нео тоже программа, багфиксер какой-нибудь?).
А Сераф - это прога, которая защищает Пифию, либо фильтрует допуск к ней, что-то типо файрволла.