У тебя всегда есть альтернатива: вручную сконфижить все классы, не используя дефолтные конфиги из пакетов. Я предпочту исправить 10 строк из 300 тому, чтобы писать руками те же 300, на ходу выдумывая собственные дефолты для всех трехсот.
Показатель в том, что никто из разработчиков yii3 не говорит, что такой вариант конфигов неудобный. Очевидно, что это страшно выглядит только для новичков.