ну на yii2 там надо migrationPath указывать. где-то в доках писать чтоб не забыть.. были какие-то расширения вроде ещё. но я не юзал.
с yiisoft/yii-db-migration не надо ничего выкруживать, вчера
Terabytesoftw придумал как сделать чтоб тоже все миграции с вендора применились.
Тут, кстати, надо учитывать, что к примеру в начале жизни проекта добавили какую-нибудь миграцию из вендоров, а потом добавили миграцию, которая ее откаывает (ну типа от модуля избавились), и вот тут как бы она повторно не применилась