1. огромный проект (много файлов, много лишнего для "текущей" задачи)
2. куча зависимостей (и одинаковых тоже) от каждого сплита
3. если проект живой, то приходится часто спуливать обновы
4. если несколько команд работают с проектом, то одна может положить стабильный билд другой (один билд на всех). это не относится к репам с сабсплитом, как у симфони
5. бывает сложно делать и просто загубить абстракции
может еще что-нибудь, но на скорую руку не скажу.
плюсы есть - общий взгляд, можно удобно рефачить с поддержкой IDE'шных рефакторингов и прочее.
но этот плюс покрывает yii-dev-tool