Я решил через поддержку. В моём случае оказалось, что мой сервис отправляет слишком длинные ключи, а Яндекс умеет работать с длиной не больше, кажется, 2048 токенов. В вашем случае может вылезти какое-нибудь другое незадокументированное ограничение, так что рекомендую тоже через поддержку разбираться.