Например, если бы была защита с помощью подписывания запросов приватным ключом, то логично предположить, что яндекс будет хранить этот ключ согласно определённым стандартам.
Telegram, например, при использовании web hook, заставляет разработчика заливать свой серт, с помощью которого telegram будет шифровать (вроде бы) свои запросы к api бота
то что нет привязки к аккаунту на яндексе это вот плохо да т.е. accountid какой-то в запросах на вебхук сильно бы улучших ситуацию как и возможность получить по нему контекст - город, геолокацию, погоду, поисковые предпочтения
Telegram, например, при использовании web hook, заставляет разработчика заливать свой серт, с помощью которого telegram будет шифровать (вроде бы) свои запросы к api бота