dn
1. Кешировать хедер и футер в отдельные html файлы и подключать к ojs любым удобным способом
2. Сделать файлы темы отдельно для хедера и футера, подключить через iframe
3. Написать свою функцию обертки для меню из базы wp, и что там еще у вас есть в хедере и футере, написать отдельный файл стилей в котором будут прописаны стили хедера и футера и подключать их соответственно и в wp и в ojs