Настройки хранятся в базе данных сайта, если вы просто заменили файлы плагина, то ничего слететь не должно. Если вы сначала удалили плагин и потом загрузили по новой, то в момент удаления может срабатывать хук, который удаляет вместе с файлами и настройки из базы. В любом случае можно восстановить настройки из бекапа базы данных сайта, если он у вас есть