в подобных случаях готовым решениям нет веры. Пишешь скриптик который ходит в нужные папки и чистит их, попутно заглядывает в базу и подчищает записи по аттачам, если медиа загружались через сайт.
В процессе можно покрыть скрипт доп.флагом и повесить задачу в крон с этим флагом