Создать дочернюю тему и вносить все изменения в неё. Это очень удобно, особенно если кроме стиля темы вам нужно поправить и её фунционал. Дочерняя тема (child theme) — идеологически, самый правильный путь.
Создать функциональный плагин, в котором осуществить подключение дополнительного файла стилей. Таким образом, обновление (и даже смена) темы никоим образом не повлияет на подключение вашего CSS.
Установить плагин Simple Custom CSS и осуществлять все изменения его средствами. Плагин добавит в разделе «Внешний вид» новый пункт «Custom CSS».
Источник:
https://danilin.biz/wordpress-custom-css.htm