Вот так я регаю таксономию. Она появляется в админке как категория и в принципе всё ок.
add_action( 'init', 'create_filter_taxonomies' );
function create_filter_taxonomies(){
register_taxonomy('filter', 'programs',array(
'hierarchical' => true,
'labels' => array(
'name' => _x( 'Фильтры', 'taxonomy general name' ),
'singular_name' => _x( 'Фильтр', 'taxonomy singular name' ),
),
'meta_box_cb' => 'post_categories_meta_box',
'show_ui' => true,
));
}