Если установите портативный софт в папку облака, проверьте чтобы после каждого запуска и использования облако синхронизировало все файлы до последнего. Если установите систему заново и создадите ярлыки, то софт будет работать, но главное чтобы происходила полная синхронизация до конца после каждого использования