как это не должно? Ты либо пропускаешь через вебпак, либо берёшь нетронутый файл. А вебпак относительно src собирает. Скорее тут конфликт. Как мне видится
если бы вебпак собирал только относительно src то всё, что лежит в assets не собиралось бы тогда, но assets создан как раз для того, что бы оттуда была сборка медиа