Этот файл выполняется строго один раз при запуске. number наследуется для новых сплитов. python.vim выполнится уже после, притом при каждом открытии питоновского файла
Ну да, получается так. Ну и в локальных, как уже сказано, можно отменять глобальные настройки. Ну и лучше использовать setlocal, т. к. некоторые настройки по-умолчанию применяются глобально (есть и такие, которые всегда глобально, но не думаю, что они могут понадобиться в локальных настройках)
при условии понимания что разделение по разным файлам в fletype-директориях не делает команды внутри действующими только на буферы с файлами этих типов