Прочитанное хорошо запоминается, если использовать это на практике. Так и конспектировать/заучивать не нужно. А по сабжу, да, иногда сохраняю заметки в обычном маркдауне. Для поиска заметок использую fzf и rofi.
Подсветка аргументов внутри функции отдельно от других определённых в ней переменных. Или "видимых" (по include / use и их аналогам) в данном месте функций / методов / глобальных переменных отдельно от "невидимых". Ну и т.д. и т.п.