Agile - еще одна "серебряная пуля", только применительно к ведению проекта. Чаще видел проблемы в связи с непропорциональным разделением долгосрочного планирования и ситуационного реагирования, отсутствием обучения в команде и много другого, от чего agile не спасет, скорее всего.