ИП тут не причем. Апворк платит НДС в Россию, но платит не из своих денег, а снимает дополнительно с фрилансеров из РФ. Посмотрите инвойсы в своем профиле, вы увидите там VAT, это и есть НДС.
Получается что на момент поступления средств в банк ндс уже уплачен?