Это как си кресты и си плюсы?)
Как объяснить. Есть то, что отлично работает на винде. Оно и работает только на винде. Есть что-то, что работает под виндой и не заведется под линей ну никак (скажем либы Direct X). Но при этом писать на .NET Core лучше по другим причинам, финальная сборка веситт меньше и работает быстрее, ее можно завести и под линей и под виндой, она заточена на серверное взаимодействие