Изменение системных файлов приведет к необходимости при обнове полным образом шить. Само собой удаленные приложения восстановятся
Я в свое время для эксперимента поотключал (pm disable) около четырех десятков системных сервисов и приложений не нужных мне. Чуда не увидел, чуть больше оперативки свободной, чуть отзывчее система по ощущениям... Смысла особого в эксперименте не увидел, но и включать назад не стал. Автоматом при апдейте они не включаются, так и тянуться отключенными несколько обнов...