Под безопасностью я подразумеваю не сам факт шифрования, оно есть и там и там, просто обобщил некоторые моменты. К примеру:
1. Нет целого класса проблем с внезапно прервавшимся VPN-соединением. В худшем сценарии VPN-соединение может прерваться и юзер не заметит, что его трафик уже не защищён и/или он уже работает со своего домашнего ip. В случае с прокси такие проблемы исключены.
2. Нет принципиальной возможности проводить атаки, пускающие трафик мимо VPN-туннеля. (к примеру техника атаки CVE-2019-14899)
3. Не нужны высокие привилегии в системе ни для клиента прокси, ни для сервера.