ну почему-же - гит вполне умеет работать с бинарниками, к тому же для таких файлов могут быть свои инструменты для diff`ов. Хранить их на гитхабе плохо из-за лимита, но не запрещено. И да, git-lfs или git-fat в помощь - они позволяют хранить бинарники на другом сервере, а в гите хранится типа заглушка