Я бы предложил не чистить, а пересоздать базу тестменеджера.
Сделали чистку кеша (и ключом ClearCache и физическим удалением в APPDATA), копирование тестменеджера перед очередным сценарием, запуск под тонким клиентом (1cv8c.exe). Параллельно переписали все на максимум универсальности в запуске на разных ci. В итоге 3 дня сборки идут параллельно на 2х ci (старый ci пока не отключали) (тут я стучу по дереву, плюю через плечо, кружусь влево, пойду "замочу на всякий случай", что еще по приметам посоветуйте :) ). Картинка радует