Ну речь и дёт о переписке, при которой ключи генерируютя на утройствах собеседников так, что на сервере остаётся только криптотекст, который нельзя "перешифровать". end-to-end шифрование лишает на всяких фич вроде групповых чатов, редактирования сообщений.
В случае обычных чатов Вы ведёте переписку с сервером, который потом передаёт её собеседнику. Это как бы секретный чат тот же, но с сервером. Вы так же генерируете ключи, а переписка защищена от перехвата, но теперь она на есть на сервере в обычном виде и теоретически может быть выдана администраторами.