Вы слишком утопично обсуждаете юзер / ботнет. По сути, если берём юзверя, то рассчитываем сколько страниц он может открыть в секунду, т.е. примерно 1 страница = 1 нажатие. Если это сделает бот, он 1 страница = 100 нажатий. Сейчас я говорю о грубых числах и не стоит их брать за основу. Теперь суть:
Юзер - чел, который залез на сайт и изучает и он же кликает по ссылкам.
Ботнет - машина с несколькими ип-адресами, которые могут быть минимум от 10к до овер9к. Также у человека есть сетевой ресурс, который исчисляется 2-3 мб. У ботнета он может достигать 10-20 Гб и более. У особо жёстких ботеров может быть и терабайт. Как понять, когда стучится бот, а когда человек? Достаточно впихнуть капчу или антиддос скрипт, который n-количество времени проходит, типа 5-10 сек. Бот сразу отвалится или урвется обратно. Не факт, что поможет, но ведь ставят.