что еще могу посоветовать - это удалить primary id у связывающей сущности Entity2, а к каждому свойствам ManyToOne Entity1 + ManyToOne Entity3 - добавить аннотацию @ORM\Id тем самым создастся составной праймери кей с этими полями
А как быть, если у меня есть Entity которая относится к другой базе данных? А у меня в проекте есть таблица, которая связывает эту сущность из другой базы, с сущностью из моей базы? ))