у тебя скорее всего не совпадают пользователи, от которого работает и создается/редактируется файл, и тот пользователь вебсервера/php, при редактировании ты просто переопределяешь пользователя, а сервер не имеет доступа от своего имени
у меня один раз было такое - под винду развернуть быстро приложение, НО - сугубо раде презинтации фрейворка на котором будет разрабатываться приложение, трудно представить другие НО, которые заставят полноценно запускать web-приложение под виндой