Аргументов за и против масса, каждый выбирает что ему по душе. И статей на эту тему море. Если ты в команде и частые pull-request'ы, то merge делать легче. Плюс видишь какие свойства конкретно применимы к тому или иному storyboard. Мне на ноуте физически неудобно управлять кучей экранов на storyboard. В общем, каждый сам выбирает