Мне одного непонятно, как может "файл просто пропал из прооекта а в папке лежать"
Смысл последнего пункта, зачем добалять файл и не компилировать его ? ( Есть предположение, что например, если добаить файл с БД, то соотсвенно не нужно кликать на этот пункт )
насчет последнего: ну у нас вот в проекте 5 таргетов: 2 виджета, сири, часы, простая прила. обычно файл нужен только в простую прилу, бывает нужен еще куда