Удаляешь сам сториборд и его ссылку в plist. После чего создаёшь рут контроллер, который будет ответственным за навигацию в приложении, он будет грузить твои все вью контроллеры. Потом в делегате вручную создаёшь window и ставишь ему свой рут контроллер. Вроде как-то так)