Наверно костыль, но вот как идея. Или сделай кастомные ячейки с сепаратором, а в таблице выключи сепаратор. Да думаю будет самый адеватный способ, и тогда у тебя нижний сепаратор не уйдет.
можно даже не кастомную вью, а separatorInset для своей поставить 15, а для таблицы в ширину экрана, если таким путем идти