сначало посмотри куда он прописывает значения переменных в цсс
https://github.com/srmullen/svelte-reactive-css-preprocess/blob/main/src/index.js#L38, а потом уже решай будут проблемы или нет. Если он прописывает значения в :root селектор, то наверно очевидно что будут работать значения только второго инстанса на оба инстанса?
в доках не показано куда он пишет значения, но почему есть css с рут селектором и дефолтными значениями inherit? Нахрена они нужны тоже непонятно, наверно чтобы ни у кого дефолт фолбэк в втором аргументе var(—size, 1000px) никогда не сработал)