Насколько я знаю, активити решает цвет фона в крайнем случае через тему. Они в переносном смысле идут в стек друг поверх друга, но это не означает, что они буквально накладываются друг на друга. Стек это очередь, а не слои. И singleTop по смыслу тут не имеет ничего общего с этим. Он просто не создает новые инстансы того же самого активити, если он уже есть в стеке, а пересоздает старый с новым интентом