вооот в том то и вопрос.. как сделать этот файл уникальным, чтоб система либо вооще не смогла открыть его, только в моем приложении
Сделайте своё расширение файла, и зарегистрируйте на него intent filter. То есть щас у вас к примеру someFile.txt, сделайте из него к примеру someFile.txt2 и "научите" систему открывать этот файл в Вашем приложении.