Хотел еще спросить кто как борется с удаляемыми метаданными при использовании гита чтобы не изобретать велосипед. Постановка: есть объект метаданных, соответственно в репозитории лежат исходные файлы для него. При очередной правке конфигурации объект удаляется. Производится выгрузка в исходные файлы, соответственно из Configuration.xml он пропадает, конфигурация отлично собирается без исходных файлов этого объекта, но сами они 1с не удаляются как я понимаю, соответственно гит не видит изменений в них (я тоже :)) и спокойно тащит их от коммита к коммиту.