"имеющие" вставляются автоматом, если писать условие на результат агрегатной функции, а не на само поле
ВЫБРАТЬ
спрТМЦ.Ссылка КАК Ссылка,
Количество(спрТМЦ.Ссылка) КАК КоличествоТМЦ,
спрТМЦ.Артикул КАК Артикул
ИЗ
Справочник.Номенклатура КАК спрТМЦ
ГДЕ
спрТМЦ.Артикул <> ""
СГРУППИРОВАТЬ ПО
спрТМЦ.Артикул,
спрТМЦ.Ссылка
ИМЕЮЩИЕ Количество(спрТМЦ.Ссылка) > 1
ИТОГИ ПО
Артикул
я делал так...