А в чем проблема менять имя конфигурации? Это же как раз по БСП-философии. Свое хранилище, заводишь под клиента конфигу чистую, называешь по имени клиента, ставишь на поддержку от типовой и делаешь потом поставки своей.
Делал так.
Вообще отлично заходит, правда были косячки типа там в ЕРП-based предполагают какие могут быть названия у их конфиг, но там в одном месте пропатчить (когда последний раз делал такое, раньше было больше - но они молодцы - исправились под философию).
основная проблема - абсолютное большинство типовых в качестве версии своей конфигурации в модуле ОбновлениеИнформационнойБазыПрефиксКонфы указывает Метаданные.Версия, вместо реального номера релиза. Хотя даже в доке по БСП написано, что не надо так делать