Не пофиг. До тех пор, пока система А не приняла данные из системы Б, то система Б может эти данные менять у себя сколько хочет. Но как только система А получила из системы Б (уведомила её об этом) порцию данных, то внесение изменений системой Б в эти данные невозможны.
Если есть возможность добавить один метод в <Б>, то можно так:
1. Запрос в <Б> за порцией необработанных объектов
2. Обработка каждого объекта из списка
2.1 Запрос в <Б> для блокировки объекта и получения его данных
2.2 Обработка объекта в <А>
2.2.1 Открытие транзакции
2.2.2 Выполнение действий в системе <А>
2.2.3
Успешно: фиксация транзакции
Ошибка: отправка запроса в <Б> для снятия блокировкиотправка запроса в <Б> для снятия блокировки, отмена транзакции