индексы надо ставить на поля, которые используются в фильтрации и сортировке, иногда в group by.
+ можно в инклуд включать поля, которые выбираются в селекта. тогда можно избежать page lookup в плане и сэкономить.
индексы стоит мёрджить, например индекс (id, name) может быть использован вместо индекса только по (id). т.е. как бы их можно объединять по первым полям.
в сиквеле есть вьюха sys.dm_db_missing_index_details куда заносятся индексы, которые рекомендуются к созданию. там же есть стата - сколько бы по нему было сканов, сколько сиков, сколько апдейтов.
с помощью Data Collection можно собрать стату по запросам и отловить самые тяжелые и частые. их и покрываешь