Сейчас организовал так, что они в одном проекте
При запуске по отдельности они, конечно, работают (и через Compound в IDEA, но это тоже по факту по отдельности)
В интернете во многих случаях видел, что создают parent pom для того, чтобы объединить их в один проект
Но при этом тогда частично теряется независимость микросервисов
Прямой связи между независимостью сервисов и использованием парент пома нет. В нём вы можете описать общие вещи: репозитории, plugins, plugin management, dependencies, dep. management и т.д. Независимость потеряется если вы будете делать один модуль, как бы это не было очевидно, зависимым от другого :) а, ну и вовсе необязательно использовать парент пом, чтобы объединить в один проект. Можете сделать помник и в нём просто модулями указать другие. Связаны они между собой не будут никак