Можно свои пакеты делать. Но можно и без этого обойтись, ведь npm
поддерживает git
через git npm переодически недотягивает файлы (как - я не знаю, но страдали с этим полтора-два года назад много и больно). Лучше уж тогда складывайте архивчики из npm pack в папку под nginx и ставте так. Ну или поднимите verdaccio/купите npm private.