это довольно идея ну такая. Любая ошибка в php коде - готовая компрометация сервера.
Но если так уж хочется, то:
1. Прав на сам файл недостаточно, нужно как минимум выполнение (и желательно еще чтение) на все каталоги выше по дереву, т.е. /etc
2. Я не знаю, кто у тебя выполняет php (mod_php, php-fastcgi, ...), но он может чрутить его в корень сайта и не выпускать наружу.