А референс есть в нсби/ена?
Не совсем понял что именно надо сделать, но я вижу примерно такой сценарий:
Проаннотировать референс (много тулов на
https://usegalaxy.org если не хочешь ставить себе проги и ковыряться в них)
Посмотреть есть ли там то, что тебе надо
Проаннотировать экспериментальный,найти нужный участок в нём и сравнить с тем, что нашлось в референсе
Немного сумбурно и непонятно, но и задачу я тож не очень понял)