Молекула-белковые взаимодействия, взаимодействия "молекула -- белок". Но "молекула" -- очень размыто, судя по всему, подразумеваются маленькие молекулы, поэтому корректнее будет заменить "молекулу" на "лиганд".
Хочу сказать, что ты душнила, а в научных и технических терминах почти всё можно свести к заимствованиям из английского, а тот в свою очередь пиздил корни из латыни и греческого. И немного от лягушатников, sans lingua franca и всё такое.
"Методы глубокого машинного обучения для предсказания взаимодействий белков-мишеней с низкомолекулярными соединениями, обладающими свойствами лекарств")))